Perunat Etelä-Afrikassa uskotaan olevan eniten perunalajikkeita. Kasvitieteilijät ovat yhtä mieltä siitä, että tämä on luultavasti paras indikaattori tietyn lajin alkuperästä. Erityisesti Andien alue – turistimaisimmat kasvilajit, jotka kasvavat villinä Perussa, Ecuadorissa ja Chilessä.
Nimi peruna tulee intialaista sanaa, joka tarkoittaa sitä kantavaa kasvia – patata tai patta.
Varhaiset tutkimusmatkailijat löysivät Perun intiaanit odottavan perunoita kuivaamalla ne auringossa – käytäntö, joka on edelleen olemassa. Kun perunan merkitys ruokavaliossa kasvoi, ne paransivat perulaista villiperunaa – pienempiä ja katkerampia. Aikaisemmin on löydetty kätköjä kuivattuja perunoita. Kuivattu peruna voidaan jauhaa jauhoiksi ja siitä valmistettiin jo esihistoriallisesti herkullista keittoa. Koska peruna voi kestää vuodesta toiseen, se oli maissin ohella erittäin tärkeä sato muinaisille ikanilaisille.
Ensimmäinen maininta perunoista Amerikassa oli Magellanin ja Columbuksen aikakauslehdissä, joissa niitä kutsuttiin ”batataksi”. He tulivat Etelä- ja Keski-Amerikkaan, kun Pizarro valloitti Perun ja jakoi ne espanjalaisten linnoitteiden ja laivojen kautta.
Irlannissa peruna otettiin käyttöön vuonna 1565, vaikka jotkut sanovat, että Sir Walter Raleigh kasvatti sitä ensimmäisen kerran vuonna 1585. Joka tapauksessa siitä tuli nopeasti irlantilaisen ruokavalion perusaine – kunnes irlantilainen peruna istutettiin. Vuonna Se epäonnistui vuonna 1847, puolitoista miljoonaa irlantilaista kuoli ja toinen miljoona muutti Amerikkaan.
Peruna auttoi Euroopan nälkää näkeviä ihmisiä, kun vuonna 1770 oli nälänhätä ja perunaa kasvatettiin tilanteen pelastamiseksi. Ranskan johtaja Parmenter perusti perunakeittokeittiöitä ruokkimaan heitä, ja tähän päivään asti perunakeitto kantaa hänen nimeään ranskaksi.